Para la década de los 80, la Universidad Juárez del Estado de Durango, se dio a la tarea de complementar las ofertas que hasta entonces impartían sus escuelas y facultades, visualizando que en los ámbitos de la gestión, el número de carreras, matrícula y número de profesores, eran determinantes en la asignación presupuestaria, sumado a esto, el reconocimiento por parte de la UJED, de contar con poca diversidad de carreras científico-tecnológicas que hablaran del espíritu universal de la misma. Así es como surgen para 1984, las escuelas de Matemáticas y Ciencias Químicas, la primera, con una carrera de licenciatura, mientras que la Escuela de Ciencias Químicas, inicia con los estudios de licenciatura en Ciencias Químicas con dos orientaciones: Ciencia de Materiales y Agroquímica.Se trataba que la Escuela de Ciencias Químicas (ECQ) integrara planes y programas académicos, que respondiera a una realidad social demandante de profesionales, que diera apoyo a la población local, resolviendo sus problemas inmediatos, sobretodo, una respuesta a los problemas relacionados con el diagnóstico clínico de laboratorio, que apoya profesionalmente al área de salud, aprovechando las características de los profesionales de la Química en beneficio de la economía activa de la región. Por tanto, el 24 de septiembre de 1984, durante el rectorado del Lic. José Hugo Martínez Ortiz, es fundada la ECQ, iniciando actividades en espacios disponibles de la Facultad de Medicina y de la Preparatoria Diurna (aulas y laboratorios respectivamente), ocupando posteriormente, en 1986 las instalaciones de la Preparatoria Nocturna, por disponibilidad de horarios matutino y vespertino de la misma.

Desde su inicio funge como encargado de la Dirección de la Escuela el Dr. J. Enrique Torres Cabral, contando para entonces con una plantilla de ocho profesores, que impartían las materias básicas de los primeros semestres para atender un total de 61 alumnos: Es hasta el año de 1989 que surge la carrera de Químico Farmacéutico Biólogo, y es aprobada por la H. Junta Directiva en 1991, elevando notablemente la matrícula.

La primera generación egresa en 1989 con un total de 24 egresados, 18 de la carrera de Agroquímica y 6 de la carrera de Ciencia de Materiales, registradas ese mismo año en SESIC y DGP con la denominación de Ingenierías.

A casi 40 años de fundada la ECQ ha tenido un total de siete encargados de la Dirección y cinco directores electos: Dr. J. Enrique Torres Cabral (1984-1987) encargado, Ing. J. Antonio Asiaín Loya (1987-1988) encargado, Dr. J. Enrique Torres Cabral (1988-1989) encargado, Dr. Manuel Gutiérrez Silva (1989) encargado, QFB. Eda Guadalupe Ramírez Valles (1989-1991) encargada, QFB. Irma Díaz Unzueta (1991-1997) primera directora electa, Ing. Roberto Moreno Sarmiento (1997-1998) encargado, MAIE Sofía Irene Díaz Reyes (1998-2004) directora electa, MAIE Martha Elia Muñoz Martínez (2004-2010 y 2010-2016) directora electa, Dra. Eda Guadalupe Ramírez Valles (2016-2020) directora electa, MA Alejandra Muñoz González (2020-2021) encargada, DC Miguel Ángel Escobedo Bretado actual director electo por el periodo 2021 a 2027.

Los constantes movimientos políticos y laborales, de la UJED, fueron reflejados también en la ECQ, por eso es hasta 1990, un año después de egresadas las primeras generaciones, que la escuela se ve favorecida con un edificio propio, en el que se encuentra actualmente, en donde a partir de entonces, ha buscado darse a conocer e identificarse en y con la comunidad duranguense, ha permanecido en constante crecimiento, ha ido construyendo a través de las diferentes administraciones, proyectos académicos acordes a sus tiempos, recursos y realidades, de forma tal que ahora involucrada en una dinámica más acelerada, pretende dar respuesta a las demandas de la sociedad y del entorno, teniendo como objetivo ofrecer servicios de comprobada calidad y de mejora continua.